La fecha de fundación de San Marcos, no se sabe con exactitud, ya que en los archivos de la municipalidad no se encuentra mayor información, debido a que los tiempos de la revolución los archivos fueron destruidos, quemados, según el Padre Antonio R. Vallejo en su primer abarco estadí­stico realizado en 1889 establece que fue creado en 1790. Se sabe que en los años de 1925 a 1932 San Marcos era visitado frecuentemente por los insurgentes de esa época, ya que estaba en el intinerario de la vieja carretera de occidente y era victima de hechos vandálicos, Don Antonio Pineda, vecino de este municipio cuenta que en 1924 trabajaba como escribiente en la municipalidad, siendo capturado por una tropa que comandaba el Coronel Serapio López y que observó como los soldados quemaban los documentos históricos antiguos y es por ello que no hay datos ni documentos archivados de este municipio; cuentan que en busca de recabar esa información la municipalidad que fungió en ese año 1,971 envió una comisión a Santa Bárbara y al ministerio de gobernación, pero los resultados siguieron siendo negativos.

Existen documentos de los cuales se deduce que el municipio de San Marcos, es uno de los mas antiguos, en la municipalidad de macuelizo (municipio vecino) se encuentra  el acta de fundación que literalmente dice: en el establecimiento de San Marcos, 16 de Agosto de 1794, delegado de Chinda, proceda a delinear la reducción de Macuelizo con las causas que dentro se expresan… de acuerdo con esta información San Marcos era municipio antes de la independencia de Centro América. Se sabe que la municipalidad de los municipios de Macuelizo, Quimistán, San Marcos, Trinidad y Chinda ya exist í­an al 12 de Febrero de 1883.

Los primeros pobladores procedí­an de los municipios vecinos, como Colinas, Trinidad y otros donde predomina la raza blanca, aunque también se dice que fue poblado por indí­genas que emigraron a diferentes sitios del paí­s.

A mediados del siglo pasado se sabe que una corporación minera inglesa exploro en el municipio de Quimistán unas minas en el lugar de Santa Cruz Minas, antiguamente habí­a otro consorcio de extranjeros trabajando las minas de Mala Nova (Mala Nueva) en el mismo municipio, estos traí­an trabajadores la mayorí­a de raza negra, por ser mas resistentes para estas duras faenas, San Marcos tení­a fama de ser un pueblo alegre en donde a menudo celebraban fiestas, es en esta forma en la que se desplazan los trabajadores de las minas y se fueron relacionando con los pocos habitantes que habí­an en ese entonces y fueron formando familias, vemos por esa unión el predominio de sus moradores con rasgos de tipo de mulato.

El municipio de San Marcos, S.B. tiene una extensión territorial de 226.3 km2, está  ubicado en la parte Noreste del departamento de Santa Bárbara, siendo sus colindancias las siguientes:

Al Norte: Colinda con los municipios de Macuelizo, Quimistán y Sierra del Merendón.

Al Sur: Colinda con los municipios de San Luis y Trinidad.

Al Este: Colinda con el municipio de Petoa y Trinidad.

Al Oeste: Colinda con el  municipio de Macuelizo y rió Chamelecón.