Fue fundado en el año 1791, Aguanqueterique: cerro de los aguacates Fue declarado como municipio en el año de 1836, antes de esto pertenecí­a a la capitaní­a de Comayagua. El termino Aguanqueterique se deriva de las leguas lenca y azteca. Lengua lenca: Cerro de los aguacates. Lengua azteca: es sierra de los arroyos, esta última traducción se acerca más a la realidad del municipio; es un municipio que cuenta con una gran variedad de agua y montañas, dentro del territorio cruzan varios riachuelos, quebradas y también el destacado y caudaloso rio Goascoran que justamente nace en la colindancia de la zona montañosa entre Guajiquiro y Aguanqueterique.

Aguanqueterique se origina de los planes que abandonaron la pení­nsula de Yucatán México a principios del siglo XVII con los cuales se mezclaron con otros que ya habitaban en la zona, por eso hoy en dí­a se aprecia con aspecto combinados ente lencas y aztecas y otras tribus procedentes de El Salvador, retomando el aspecto de la ubicación, durante dos siglos fue un centro religioso más importante del pentágono de los municipios del sur de la paz los cuales son: san Juan, San Antonio del norte, Lauterique, Mercedes de Oriente, y Aguanqueterique. En el XVIII y a principios del siglo XIX funciono como un convento para ordenación de monjas, a él acudí­an los fieles de este sector a los actos religiosos ordenados por las autoridades eclesiásticas de ese entonces. En el norte y en el sur de la cabecera municipal se pude apreciar una cruz en cada una de ellos esto con el argumento de clamar a Dios para evitar que se formaran volcanes, existen lugares  en el municipio similares como la cueva del tesoro y la cueva del duende.

Según datos históricos, el municipio fue   fundado primeramente   por los españoles y posteriormente fue poblado por indí­genas lencas.